工业生物技术研究所是江苏省产业技术研究院下属的专业所，依托南京工业大学国家生化工程技术中心，实施“一所两制”。高校运行机制的南京工业大学国家生化中心，负责原创成果产出，市场化运行的实体公司负责原创技术二次开发，技术转移。研究所致力于建成国内一流、国际先进的工业生物技术创新创业平台。研究所宗旨是围绕“科技成果项目落地、新型研发机构落地、校地融合发展”，整合更多科技资源，撬动更多社会资本，为区域产业升级及经济结构转型服务，并辐射全国。

研究所技术依托单位南京工业大学国家生化工程技术研究中心是国内先进生物与化学制造领域的重要机构，中心连续两次评估中综合排名均为全国第一，并荣获科技部“十一五优秀执行团队奖”。中心依托生物化工学科基地是国内一流的高水平学科基地：生物化工学科是国家重点学科，发酵工程是江苏省重点学科，工业生物技术与医药制造入选江苏高校优势学科建设工程项目，先进生物与化学制造入选江苏省首批协同创新中心，南京工业大学先进生物与化学制造协同创新中心亦入选国家教育部首批获批协同创新中心。拥有材料化学工程国家重点实验室（生物材料）、生物化学工程国家实验教学示范中心、国家GLP认证的江苏省药物安全性评价中心等。中心多项目获得国家及省部级奖励，其中国家技术发明二等奖3项，省部级一等奖11项、二等奖3项。

研究所运营实体南京高新工大生物技术研究院有限公司，科技服务近10家企业，横跨医药、食品、环保等行业。与江苏奥赛康、南京海纳、南京恒通签订了手性药物、药物结晶的技术开发合同；与南京同凯兆业、无锡市政水务开展了关于污水处理项目的合作；为江苏诺盟化工提供了新型生物反应器制备合成气技术服务。